Proces samooczyszczania w wodach stojących przebiega w innych warunkach niż w rzekach, choć mechanizmy usuwania zanieczyszczeń są takie same. W wodach stojących rozprzestrzenianie się wprowadzanych ścieków jest zgodne z ruchem wody. Przy stałym dopływie ścieków następuje ciągła kumulacja zanieczyszczeń, co powoduje ujemne skutki. Ścieki wprowadzane do odbiornika mają większą gęstość niż woda dlatego opadają na dno, gdzie ulegają rozkładowi. Jednak przy dnie panują gorsze warunki gdyż utrudnione jest dotarcie tlenu z dyfuzji powierzchniowej na dużą głębokość, dlatego łatwo dochodzi do powstania strefy beztlenowej. W głębokich jeziorach i zbiornikach zaporowych natlenienie jest limitowane nie tylko głębokością , ale także temp. Rozkład temp. w tych ekosystemach zmienia się w cyklu rocznym.